Deux ans après le jour fatidique où la rivière de la vie a détruit le météore et où Cloud et ses amis ont anéanti Sephiroth, le calme est revenu un peu partout. Autour d'une Midgar en ruines, une nouvelle ville nommée Edge prospère. Cependant, depuis peu de temps, une maladie se répand chez les enfants et se manifeste sous la forme de géostigmates sur la peau. Même s'il a pris en charge la fille adoptive de Barret, Marlène, et un garçon du nom de Denzel, Cloud n'arrive pas à se remettre de la disparition d'Aerith et passe son temps sur sa moto à livrer des colis en laissant Tifa seule avec les deux enfants. Cependant, l'épidémie de géostigmates annonce une menace bien plus terrible. Alors que les ex-Turks explorent le cratère nord en enquêtant sur les répercussions des agissements de Sephiroth, ils sont attaqués par un groupe de trois jeunes gens dont le but avoué, comme ils ne cessent de le répéter, n'est autre que de retrouver leur mère. Mais de qui s'agit-il ?