Nous sommes plongés dans un autre univers, une autre planète assez similaire à la notre. Sur celle-ci, chacun naît femme et doit se rendre, à partir de 17 ans, à la Source afin de choisir son sexe, rester une femme ou devenir un homme.
Cependant, sur cette planète vivent notamment trois nations malheureusement en guerre : Argentum, Plumblum et Simulacrum. Cette dernière nation est d'ailleurs celle qui semble dominer cette interminable guerre, surtout grâce à leur technologie inconnue, les Simoun. Ces machines sont considérées comme des dons de Tempus Spatium, le Dieu tant vénéré sur cette planète.
Il faut toutefois être deux pour piloter un Simoun, l'Auriga et la Sagitta. Cette paire est formée de deux Sibyllae, devant s'embrasser avant de piloter. Ces dernières sont des jeunes filles qui ne se sont pas encore rendues à la source. Elles sont considérées comme des prêtresses, mais elles doivent néanmoins devenir des soldats pour défendre leur nation. Ces Sibyllae sont formées en plusieurs groupes, nommés Chor. Le plus célèbre et le plus puissant d'entre eux est le Chor Tempest, qui séjourne sur l'immense navire Arcus Prima. Parmi ce groupe se trouve la Sibylla Aurea, la plus puissante de toute, Neviril.
Pour combattre, le Chor crée des Ri-Maajon à l'aide de leurs Simoun, des sortent de trajectoires immenses dessinées dans le ciel comme offrande à Tempus Spatium. Chaque Ri-Maajon possède une puissance différente.
Toutefois, lors d'une bataille entre le Chor Tempest et Argentum, à la technologie beaucoup moins avancée, le Simoun de Neviril et sa paire Amuria rate un Ri-Maajon, le plus dangeureux de tous, celui de l'Emeraude. Depuis, le Chor Tempest, qui a perdu bon nombre de ses membres, ne reflète plus le prestige d'antan, et Neviril ne se remettra pas de la perte de sa paire.
Mais de nouvelles recrues rejoindront le Chor Tempest, dont Aeru, une jolie petite blonde dynamique qui sait ce qu'elle veut. Le groupe se formera alors petit à petit, enchaînant les missions et tentant le plus possible de redonner à leur Chor l'image qu'il possédait auparavent. Mais la guerre continue de faire rage, et l'ennemi avance lui aussi, et donc nombreux seront les rebondissements...